2000 bis 2009
Während das erste Jahr in der Kreisklasse Passau noch recht erfolgreich verlief, ging es im nächsten stark bergab. Charly Ritzer verließ den Verein in Richtung Kellberg. Dazu kamen viele Verletzungen von Leistungsträgern. Die Mannschaft konnte dies nicht kompensieren.
Die Folge war der Abstieg aus der Kreisklasse und der Weggang von Bernhard Sigl. Auch das Jahr in der A-Klasse war nicht von sportlichem Erfolg gekrönt. Der neue Trainer Gerhard Madl warf schon nach wenigen Wochen das Handtuch. Abteilungsleiter Gerhard Schartner und Spielführer Thomas Mauritz übernahmen das Traineramt.
Ihnen gebührt großer Dank für das großartige Engagement in einer sehr schwierigen Zeit. Im Frühjahr 2002 übernahm Rainer Wolf aus Hauzenberg das Amt des Trainers. Mit ihm kamen einige junge Spieler zum FC Thyrnau. Sie sollen neben den erfahrenen Spielern der Garant für eine gute sportliche Zukunft des FC Thyrnau sein.
Mit dem Trainer Wolf kam dann auch der sportliche Erfolg zurück. Gleich in der ersten Saison 2002/2003 gelang der Aufstieg über die Relegation in die Kreisklasse.
Gleich im ersten Jahr in der Kreisklasse spielte man wieder um den Aufstieg mit. Am Ende stand die Mannschaft auf dem 2. Platz, scheiterte aber in der Relegation am SV Hartkirchen kläglich (2:5).
1. Jugendtag in Thyrnau
2002 veranstalteten die Jugendbetreuer um Jugendleiter Horst Kandlbinder den 1. Jugendtag in Thyrnau. Schirmherr war damals Eduard Moser und 1. Vorstand war Mande Poschinger.
Gründung der 6. Sparte Radsport
Anfang der 2000er Jahre wurde auch eine Radsportabteilung gegründet. Nach vielfachen Wunsch vieler Thyrnauer Radsportbegeisterten war es am 13. Juli so weit, um die Gründungsveranstaltung zu halten.
Als Abteilungsleiter wurde Ewald Weingartner gewählt, Schriftführer Johann Öttl, Kassier Eduard Reitberger. Weitere Ausschußmitglieder waren Franz Stangl, Ludwig Kumpfmüller, Bernhard Reitberger, Oswald Jakob, Ella Legies, Soeglinde Schauberger und Patrick Kumpfmüller.
50 Jahre FC Thyrnau
Die nächste Saison begann grausam. Die ersten 6 Spiele gingen alle verloren.
Trainer Wolf Rainer zog die Konsequenzen aus dem schlechten Abschneiden, obwohl es nicht an ihm lag, und verließ den Verein. Wiederum stellte sich Schartner Gerhard als Interimstrainer zur Verfügung, der die Mannschaft bis zur Winterpause auf einen Nichtabstiegsplatz brachte.
Im Winter 2004 konnte dann der renommierte Trainer Weindl verpflichtet werden, der die Mannschaft auf den 11. Platz und somit in Trockene bringen konnte. Ein Jahr später landete die Mannschaft in der Kreisklasse mit Trainer Weindl auf dem 8. Platz.
Danach nahm Gerhard Schartner wieder das Zepter in die Hand. Leider mußte er in der Saison 2006/2007 den Gang in die A-Klasse antreten. Mit der Verletzung des Torjägers Jakob Tobias, fiel auch die Elf auseinander. Seitdem kämpft Thyrnau um wieder in die Kreisklasse aufzusteigen.
Ehrung von Franziska Mulik für das Ehrenamt durch den BFV
Unsere treue Seele Franziska Mulik leistet als langjähriges Mitglied beim FC Thyrnau unschätzbare Dienste. Im Herbst 2006 wurde sie dafür besonders geehrt.
In der Saison 2007/2008 erreichte die Elf den 6. Platz mit 33 Punkten und somit großem Abstand zum Tabellenzweiten mit 54 Punkten. Die darauf folgende Saison war wohl die schlechteste in der Geschichte des FC Thyrnau. Zur Winterpause der vorletzte Platz in der untersten Klasse. Gerhard Schartner zog daraus seine Konsequenzen und verließ den FC Thyrnau.
Erwähnenswert während seiner Amtszeit, dass es 2 Spieler gab, die in Thyrnau mit dem Sohn in der gleichen Mannschaft spielten. Das waren Gerhard Schartner selbst (bereits 50 Jahre) und Tobias Schartner in der 1. Mannschaft. Das andere Paar waren Horst Kandlbinder (48 Jahre) und Sohn Marcus i n der 2. Mannschaft. Horst Kandlbinder hat im Spiel in Preming beim 6:2-Sieg nochmals 4 Tore geschossen. Im Jahre 2012 gesellte sich ein drittes Paar dazu, nämlich Vorstand Max Schauberger und Sohn Thomas Schauberger in der 2. Mannschaft.
Im Winter kam dann Spielertrainer Josef Anzenberger, der allerdings nur noch einen Tabellenplatz heraus holen konnte. Am Ende Platz 11 von 13 Mannschaften. In der darauf folgenden Saison spielte Thyrnau stark. Mit den neuen Trainern Manfred Riedl und Andreas Kurzböck erreichte man Tabellenplatz 4.